КЗК осъществява сътрудничество на двустранно ниво с други органи по конкуренция. Чрез тази форма на взаимодействие Комисията се стреми да задълбочи сътрудничеството си с органи по конкуренцията на страни членки на ЕС, както и да изгради отношения с ведомства по конкуренцията, които не са част от Европейската мрежа по конкуренция, като подпомогне държавите, в които отскоро съществува законодателство и ведомство за защита на конкуренцията. КЗК има подписани меморандуми за сътрудничество с органите по конкуренция на Азербайджан, Албания, Босна и Херцеговина, Кипър, Косово, Молдова, Република Македония, Русия, Сърбия, Турция, Украйна, Унгария, Хърватия и Черна гора.